Я в курсе, да. Но ты рассказываешь не совсем правильно, насколько следует из того же налогового кодекса :)
Налог берется со всей суммы сделки. На эту сумму предоставляется вычет. Можешь ВМЕСТО вычета уменьшить сумму сделки на величину той суммы, которую ты заплатил при приобретении имущества, если предоставишь документы. Но документов обычно ни у кого нет, а потому - см. выше :)